En situation idéale, les cours d’eau ont un lit à fond graveleux avec beaucoup d’interstices occupés par de nombreux organismes.
Dans ce substrat graveleux la mulette épaisse grandit aussi. Or, l’apport de sédiments fins conduit au colmatage du milieu interstitiel empêchant l'alimentation des jeunes moules ainsi que d'autres organismes en eau fraîche et en oxygène. La vie de ce biotope est par conséquent grièvement perturbée.
La présence de barrages dans la partie amont des cours d'eau empêche une redistribution de gravier vers l’aval et conduit par conséquent à l’appauvrissement du lit du cours d’eau en sédiments graveleux.