Die Bachmuschel besiedelt kleine Gräben bis größere Flüsse.
Sie bevorzugt sandige bis kiesige Bereiche, in denen sich die adulten Tiere fast komplett eingraben, so dass nur die Ein- und Ausströmöffnung noch sichtbar ist. Das Substrat kann von einer dünnen Schlammschicht überlagert sein, das Kieslückensystem darf aber, insbesondere für die Jungmuscheln, nicht verstopft sein. In größeren Bächen oder Flüssen werden oft die Uferbereiche bevorzugt, die aber nicht zu flach oder zu steil sein sollten. Natürlicher Uferbewuchs mit einheimischen Laubbäumen schafft mit seinem Wurzelwerk zusätzlich Mikrohabitate, die den Bachmuscheln aber auch den Jungstadien ihrer Wirtsfische als Lebensraum dienen.
Gegenüber der Gewässerqualität und dem Nährstoffgehalt zeigt sich die Bachmuschel sehr empfindlich. Dagegen ist die Bachmuschel In Bezug auf die Temperatur, den pH-Wert, den Kalkgehalt oder die Strömungsgeschwindigkeit wesentlich toleranter als die empfindliche Flussperlmuschel.